2005年，中国物流尽管取得重大进展，进入理性、务实、快速发展的新阶段，但存在的问题同样不容忽视，特别是一些影响物流长远发展的深层次问题有待解决，我国物流发展仍然处于初级阶段。
　　一、供需不平衡的结构性矛盾依然存在
　　社会化的物流需求不足与专业化的物流供给不够，是制约中国物流发展的主要矛盾，也是2005年中国物流发展的主要问题，并将成为今后物流发展必须跨越的一个“门槛”。一方面，物流需求聚集和释放的速度不快，“大而全”、“小而全”的企业物流运作比例还比较大；另一方面，物流服务供给能力还不能满足需求，特别是高端需求、即时需求、特色需求、“一体化”需求满足率不高。需求不足与供给不够并存，物流资源短缺与物流服务“过剩”同在。
　　还有，东、中、西部区域物流发展不平衡，资源型地区流出量与流入量差距很大；城乡物流发展不平衡，农产品物流与农资物流发展滞后；行业物流发展不平衡，部分传统产业物流模式转型不快；各物流环节发展不平衡，供应物流和生产物流的分离外包慢于销售物流；基础性服务与增值性服务发展不平衡，增值性服务所占比例仍然不大；多种运输方式衔接不够，配套不好；公路运力相对“过剩”，铁路运能依然不足；普通设施设备“过剩”，特种、专用设备不足；物流基础设施分属不同的地方、部门和行业，缺乏有效整合和充分利用。
　　二、粗放经营的格局尚未根本改观
　　国际上通常把社会物流费用占GDP比率作为衡量一个国家物流运作水平的重要指标。发达国家经过经济结构调整，推行现代物流运作模式，这项指标普遍降为10左右。近年来，我国的这项指标虽然有所降低，但2005年仍然高达18.6。尽管我国经济发展阶段和经济结构与这些国家差异较大，但也反映出物流运作效率方面的差距。
　　物流服务社会化程度低，物流企业“小、散、差”问题还比较突出。在运输市场上，大量规模小、实力弱的小企业和个体运输户从事道路运输，导致空驶和超载现象并存。在仓储方面，一些冷藏、冷冻、恒温、恒湿，以及危险化学品储存能力不足，特别是从农田到餐桌的“冷链”没有形成。有专家估算，我国鲜活、冷冻农副产品在采摘、运输、储存等流通环节上的损失率高达25到30。
　　物流企业信息化程度仍然不高。据对北京货运市场的调查，22家较大的货运市场共有货运企业950家左右，其中只有4家信息化超过30，采用信息系统的大约130~140家，不到七分之一。据中国物流信息中心调查，目前我国商业企业应用计算机系统的比例不到一半，服务业和运输业的比例更低，分别只有24.3和18.3。除了POS和条形码技术外，其他信息技术在物流领域的应用程度普遍较低。物流技术和物流服务规范标准大多不统一。我国集装箱运输在整个货运量中的比例只有20，而世界平均水平则高达65。据《来华跨国公司物流服务需求调查报告》显示，受调查的近百家来华外商投资企业中，高达80的企业对目前物流服务商满意度的评价为“一般”。受访企业认为物流服务商需要改进的方面，信息传递效率排首位。
三、市场不规范现象仍很严重 　　物流组织布局分散，物流资源和市场条块分割、地方封锁和行业垄断对资源整合和一体化运作形成体制性障碍。物流企业普遍反映，许多地方对本地企业和外地企业不能一视同仁，存在地方保护的问题；物流企业在异地设立分支机构、承揽业务和车辆通行等遇到许多困难；企业间的恶性竞争、打“价格战”；招标中的不规范、“暗箱操作”等问题也时有发生。行业“门槛”过低，企业鱼龙混杂。物流行业缺乏一定的“准入”标准，加大了潜在风险，败坏了行业形象。2005年发生了几起物流、仓储企业私卷货主货物，货运公司收取定金后“蒸发”的事件，引起了业界震动，表明行业诚信体系建设滞后。
　　收费高，企业负担重。目前物流企业在养路费、运管费、货运附加费、过路过桥费以及车辆购置税等方面的收费仍然偏高。此外，乱罚款、乱收费问题也还没有彻底解决。比如，有的企业在办理道路交通运输许可证的问题上，被强制收取10万~20万元的押金，问题上升到法律部门也没有得到解决。再比如，许多城市不允许配送车辆进城，不少物流企业因客货混装被罚款。
　　物流的行业地位在相关经济管理部门还不明确，案件没有归属。有物流企业反映，公司因业务纠纷到法院打官司，结果“物流业”在我国法律条文中没有反映。物流企业在经济纠纷中处于被动局面，合法权益难以保护。还有许多企业反映，物流企业既不属于交通，又不属于商务，每个部门都试图管理，但归到哪里都不合适。
　　四、体制和政策环境需要进一步改善
　　2005年，全国现代物流工作部际联席会议建立并开始工作，全国政府部门间推动现代物流工作的协调机制网络基本形成，我国物流管理体制改革取得重大进展。但是，与全国物流协调发展的要求还有一定距离。要进一步增强联席会议的权威性和协调能力，联席会议办公室要向专业化发展，纳入经常性工作机构。要加大对地方协调机制的指导和协调，总结推广各地的做法与经验，使地方协调机制真正发挥作用。
　　由于物流产业的复合性，与物流有关的政策分属不同部门，缺乏统一、透明的产业政策体系。2004年国家九部门《意见》下发后，各有关部门贯彻《意见》精神做了大量工作，一个有利于现代物流发展的政策环境正在形成。但是，相关政策的落实还跟不上产业发展的要求，需要抓紧落实，在落实中出现的新问题，也需要认真对待。
　　一是营业税差额纳税问题。一些集团型物流企业下属的全资子公司，因为没有运输车辆而未取得自开票纳税人资格，还是不能享受营业税差额纳税的政策。由于自开票纳税人的限制，一些虚开运输发票的公司，在网上公开叫卖发票。物流本来是微利行业，但现行税率偏高，除运输之外的费用不能抵扣增值税；一些试点物流企业从事公、铁、海联运，但没有联运发票。要注意执行“国家税务总局关于试点物流企业有关税收政策问题的通知”中出现的新情况，并适时扩大试点范围。要考虑物流行业的特殊性，适当统一物流环节税率、减轻物流企业税赋、设计物流专用发票。要积极探索既能鼓励物流企业整合社会资源，开展社会化物流服务，又能有效防止偷税漏税问题的发生。
　　二是集团型物流企业异地分支机构还不能统一缴纳所得税。如，物流企业的经营网点遍布全国，有的地方盈利水平较高，有的地方经常性出现亏损，这是企业网络化经营的需要。但各营业网点各自计税，不能互相抵扣，不利于物流企业网络化经营的发展。
　　三是地价过高，土地置换费用大，物流企业取得土地难。一些地方政府利用出让土地赚取财政收入。以1万~2万元的价格从农民手中征收的土地，“三通一平”后，以20万~70万元的价格出让给物流企业；物流企业原处于城区或城近郊区用地，向远郊置换时，往往要交纳60~70的各种费用。土地成本过高，不利于工商业和物流业的发展。
　　四是消防和绿地方面的硬性规定，对仓储业发展制约很大。按照目前的规定，新建库房每3000平米就必须建造消防隔断，对物流作业产生不利影响；自动喷淋设施成本高，约占库房建造成本的16，加重了仓储企业的负担；有的地方规定了仓储和工业用地的20~30必须用于绿化，同样加大了仓储企业的成本，并且不利于土地的集约使用。
　　五是交通管制特别是进入市区的配送车辆的通行问题。由于各地限制货车进城，不少物流企业采用小型客车送货，既不安全，又增加了成本，还影响到及时配送。
　　六是民航货运企业的油价问题和购置航空器的增值税问题。一方面，国际油价上涨，极大地侵蚀了航空企业的利润空间；另一方面，航空企业没有油料自主采购权，支付的油价高于国际市场价60。国家向进口的航空器征收17的购置税，增加了航空公司的采购成本。国货航这两项成本，已占总经营成本的55。
　　七是缺乏统一的物流发展规划。在国家一级铁路、公路、民航、水运和管道多种运输方式的规划与管理分属不同部门，各自都在搞线路和节点建设规划，缺乏有机联系。在地方，各地根据自身需要作出物流规划，缺乏有效衔接。如果国家层面的规划不能出台，将会加大资源统筹规划的难度，给全国物流协调发展带来不利影响。
　　八是法规制度建设滞后。我国物流领域的法律建设仍处于“空白”状态，涉及物流的法律法规分散在各个方面。目前不仅没有一部专门用来规范物流产业和行业发展方面的法律，甚至在相关法律中也很难找到物流业的具体条款，使行业和企业的合法权益不能得到有效保护。